mardi 14 avril 2020

Les Virus (Scientific American)

source: Scientific American

Auteur: MAYA WEI-HAAS

PUBLIÉ 22 FÉVRIER 2019

traduction: GoogleTranslate/Grossefille

Les virus, expliqués


Découvrez d'où viennent ces minuscules 'accompagnateurs' et comment ils continuent de se propager.



LES VIRUS SONT DES choses CURIEUSES . Ces minuscules 'accompagnateurs' ne sont pas exactement vivants selon la plupart des définitions, mais ils ne sont pas vraiment inanimés non plus. Ils ont prospéré et se sont diversifiés pendant des milliards d'années et ont peut-être même eu un coup de main - par voix d'un revêtement de protéines spongieux - pour aider à la première vie cellulaire complexe.

Bien que ces microbes aient une gamme vertigineuse de fonctions et d'effets sur la santé, la structure d'un virus est étonnamment simple. Chacun est constitué de matériel génétique - ADN ou ARN - encapsulé dans une poche protéique appelée capside. Certains sont également enveloppés dans un emballage lipidique doux. Ces minuscules paquets de virus ne font que quelques dizaines à quelques centaines de nanomètres. Cela les rend plus petits que la plupart des bactéries, qui peuvent être aussi petites qu'un dixième de la taille d'une cellule sanguine humaine . Une si petite taille signifie que vous ne pouvez même pas repérer la plupart des virus avec un microscope optique.

La seule exception, un groupe connu sous le nom de virus géants , a des membres dotés de génomes étonnamment grands. Ces méga-virus sont des centaines de fois plus grands que la plupart, avec des capsides qui couvrent environ 400 à 500 nanomètres de diamètre et des formes virales complètes pouvant mesurer jusqu'à 750 nanomètres de diamètre.


Comment les virus se multiplient-ils?


En raison de leur structure simple, les virus ne peuvent pas se déplacer ni même se reproduire sans l'aide d'une cellule hôte involontaire. Mais lorsqu'il trouve un hôte, un virus peut se multiplier et se propager rapidement.

Pour identifier l'hôte correct, les virus ont développé des récepteurs sur leurs surfaces qui correspondent à ceux de leur cellule cible idéale, laissant le virus pénétrer son matériel génétique à l'intérieur et détourner la machinerie cellulaire de son hôte pour l'aider à se reproduire en multipliant le matériel génétique du virus et protéines.


Grâce à cette stratégie, les minuscules maraudeurs ont prospéré et évolué au rythme de leurs hôtes. Selon une estimation , au moins 320 000 virus différents peuvent infecter les mammifères , et même ce nombre massif peut être faible . Cette armée virale peut provoquer des symptômes aussi légers qu'une toux ou mortels comme des saignements internes . Certains virus peuvent même provoquer la croissance cellulaire incontrôlée qui est à l'origine du cancer, comme on pense que c'est le cas avec le papillomavirus humain et le cancer du col utérin .

Comment les virus se propagent-ils?


À l'intérieur de leurs hôtes cellulaires, les virus peuvent créer un nombre énorme de copies et propager l'infection à d'autres cellules. Par exemple, si vous contractez la grippe, votre corps sera criblé de centaines de milliards de virus en quelques jours, soit plus de 10 000 fois le nombre de personnes sur Terre.

La façon dont les virus se propagent d'une personne à l'autre dépend du type. Beaucoup font du stop dans la brume de gouttelettes qui vole de votre bouche chaque fois que vous toussez ou éternuez. Divers facteurs peuvent influencer la vitesse de propagation de ces virus aéroportés. La grippe, pour sa part, semble survivre plus longtemps dans des environnements frais et secs , qui peuvent être à l'origine de sa propagation hivernale commune. Mais dans les régions tropicales, une humidité élevée semble aider la grippe à sauter de personne à personne.


D'autres virus se propagent plus facilement par contact avec d'autres fluides corporels. Par exemple, le virus Ebola se propage par contact avec du sang, des excréments ou des vomissements infectés. Contrairement à de nombreux autres virus, les scientifiques pensent qu'Ebola ne peut pas se propager dans l'air après que les personnes atteintes du virus toussent ou éternuent.

D'autres virus encore voyagent par un intermédiaire, comme un moustique, qui infecte ensuite les gens en les mordant. La dengue, qui provoque une infection pseudo-grippale potentiellement mortelle, est un exemple de ces maladies dites de moustiques . Le risque de dengue a augmenté ces dernières années, menaçant actuellement environ la moitié de la population mondiale, selon l' Organisation mondiale de la santé . D'autres maladies notoirement nées de moustiques comprennent le Zika, le Chikungunya et le Nil occidental.

D'où viennent les premiers virus?


Certains scientifiques pensent que les virus sont arrivés assez tard dans le jeu évolutif, se formant comme des restes de cellules qui avaient en quelque sorte perdu la capacité de se reproduire. Mais d'autres experts suggèrent que les virus pourraient être antérieurs aux créatures les plus anciennes de la Terre.

Les virus géants ont une indépendance surprenante par rapport à leurs minuscules homologues, ils auraient donc pu fournir les éléments constitutifs de la diversité de la vie que nous connaissons aujourd'hui . Selon une hypothèse , la première vie complexe provenait d'une cellule enveloppant un virus ou, alternativement, d'une prise de contrôle virale ratée . Dans les deux cas, le virus est devenu un résident cellulaire permanent, formant le premier noyau.

Cependant, les scientifiques ne peuvent même pas se mettre d'accord sur le fait que les virus soient vraiment vivants. Pour être considéré comme un être vivant, un organisme doit être capable de croître, de se reproduire et de générer de l'énergie par lui-même. Certains chercheurs suggèrent également que les êtres vivants doivent pouvoir répondre aux stimuli et évoluer avec le temps. Les virus ne peuvent pas générer leur propre énergie, et bien qu'ils puissent se reproduire et même évoluer avec l'aide d'un hôte, ces fonctions sont impossibles pour l'une des petites entités seule.

Au lieu de cela, Albert Erives de l'Université de l'Iowa suggère que les virus sont plus comme des vignes enroulées autour des nombreuses branches de l'arbre de vie. Ils peuvent accéder et infecter les créatures sur chaque branche, se hissant au sommet pour évoluer au fur et à mesure que leurs hôtes malheureux se métamorphosent avec le temps.

Sources:

Genetic Science Learning Center: Taille et échelle des cellules
Nature: L'origine des virus
Université de Californie, Berkeley: Introduction aux virus
Blog Harvard: La raison de la saison de la grippe
Organisation mondiale de la santé: Fiche d'information sur la dengue
Journal biophysique: Comment les virus envahissent les cellules
Organisation mondiale de la santé : Transmission d'Ebola
Centres américains de contrôle et de prévention des maladies: Maladies d'origine
de moustiques
Blog de virologie: Combien de virus sur Terre?
Eucaryogenèse virale: l'ancêtre du noyau était-il un virus à ADN .com

vendredi 10 avril 2020

Mountain Sickness

Le Covid-19 se présenterait souvent comme un mal des montagnes aigu
plutôt qu'une difficulté respiratoire.

https://www.telegraph.co.uk/global-health/science-and-disease/intensive-care-doctors-question-overly-aggressive-use-ventilators/

lundi 6 avril 2020

Les masques

Les masques chirugicaux et les N95 respiratoires n'accomplissent pas le
même travail. Imaginons la situation. Le chirugien se penche sur le patient
qu'il opère. Quelle est l'utilité du masque. Ce dernier empêche le chirugien d'
expirer sur le patient; et il peut éviter au médecin de se faire éclabousser.
Au final, c'est le patient qui est protégé. Le N95 est un masque de travail industriel
qui empêche le travailleur de la poussière. C'est celui qui le porte qui se voit
protégé...

https://www.cdc.gov/niosh/npptl/pdfs/UnderstandDifferenceInfographic-508.pdf

jeudi 2 avril 2020

Différences

Le médecin New Yorkais - Dr oz - mène une
émission médicale quotidienne des plus intéressantes.
Ci-bas, on nous explique pourquoi certaines personnes
décèdent du Covid-19 tandis que d'autres s'en sortent
très bien.

Il s'avère que, pour plusieurs aînés - et des obèses de tous
les âges- c'est la réaction immunitaire dite 'inflammation' qui tue.
Car ces personnes auront accumulé de fortes couches de
cholesterol dans leurs artères. Sous l'impulsion d'une réaction
immunitaire forte, certaines plaquettes vont se libérer pour circuler
librement dans le sang, occasionnant des arrêts cardiaques tout à fait
classiques, ainsi qu'accumulations au niveau des poumons...etc.

Bref, l'épidémie actuelle revient en partie à celle de l'obésité
chez les Européens!

Pour les conseils: sommeil
                             contrôle du stress
                             vitamine C



                                                       *     *     *

Pour une explication claire de ce qui se passe dans un cas
extrême du Covid-19.On écoute les 25 premières minutes...



samedi 28 mars 2020

Wuhan_Lockdown

Ce que Wuhan a vécu:

mardi 24 mars 2020

Vaccination

La vaccination à venir:

https://www.theguardian.com/world/2020/mar/24/coronavirus-vaccine-when-will-it-be-ready-trials-cure-immunisation

source: The Guardian UK

traduction: GoogleTranslate/GrosseFille

mar.24 mars 2020 10.08 GMT

Vaccin contre le coronavirus: quand sera-t-il prêt?

Les essais sur l'homme commenceront prochainement - mais même s'ils se déroulent bien et qu'un remède est trouvé, il existe de nombreux obstacles avant qu'une vaccination mondiale ne soit possible

Même à leur plus efficace - et draconiennes - les stratégies de confinement ont seulement ralenti la propagation de la maladie respiratoire Covid-19. L' Organisation mondiale de la santé déclarant enfin une pandémie, tous les regards se sont tournés vers la perspective d'un vaccin, car seul un vaccin peut empêcher les gens de tomber malades.

Environ 35 entreprises et institutions académiques se pressent pour créer un tel vaccin, dont au moins quatre ont déjà des candidats qu'ils ont testés sur des animaux. Le premier d'entre eux - produit par la société de biotechnologie basée à Boston Moderna - entamera prochainement des essais sur l'homme .

Cette vitesse sans précédent est due en grande partie aux premiers efforts chinois pour séquencer le matériel génétique de Sars-CoV-2, le virus qui cause Covid-19. La Chine a partagé cette séquence début janvier, permettant à des groupes de recherche du monde entier de développer le virus vivant et d'étudier comment il envahit les cellules humaines et rend les gens malades.

Mais il y a une autre raison derrière cette avance. Bien que personne n'aurait pu prédire que la prochaine maladie infectieuse qui menacerait le monde serait causée par un coronavirus - la grippe est généralement considérée comme présentant le plus grand risque de pandémie - les vaccinologues avaient réparti les risques en travaillant sur des «prototypes» d'agents pathogènes. «La vitesse à laquelle nous avons [produit ces candidats] repose en grande partie sur l'investissement dans la compréhension de la façon de développer des vaccins pour d'autres coronavirus», explique Richard Hatchett, PDG de la Coalition for Epidemic Preparedness Innovations (Cepi), à but non lucratif basée à Oslo . qui dirige les efforts pour financer et coordonner le développement du vaccin Covid-19.

Les coronavirus ont causé deux autres épidémies récentes - le syndrome respiratoire aigu sévère (Sars) en Chine en 2002-2004 et le syndrome respiratoire du Moyen-Orient (Mers), qui a commencé en Arabie saoudite en 2012. Dans les deux cas, les travaux ont commencé sur des vaccins qui ont été plus tard mis de côté lorsque les pics dèinfection ont été maîtrisés. Une entreprise, Novavax, basée dans le Maryland, a maintenant réutilisé ces vaccins pour Sars-CoV-2, et dit qu'elle a plusieurs candidats prêts à entrer dans les essais sur l'homme ce printemps. Moderna, quant à lui, s'est appuyé sur des travaux antérieurs sur le virus Mers menés à l'Institut national américain des allergies et des maladies infectieuses à Bethesda, Maryland.

Sars-CoV-2 partage entre 80% et 90% de son matériel génétique avec le virus qui a causé Sars - d'où son nom. Les deux consistent en une bande d'acide ribonucléique (ARN) à l'intérieur d'une capsule de protéine sphérique qui est recouverte de pointes. Les pointes se fixent aux récepteurs à la surface des cellules tapissant le poumon humain - le même type de récepteur dans les deux cas - permettant au virus de pénétrer dans la cellule. Une fois à l'intérieur, il détourne la machinerie reproductrice de la cellule pour produire plus de copies d'elle-même, avant de sortir de la cellule à nouveau et de la tuer dans le processus.

Tous les vaccins fonctionnent selon le même principe de base. Ils présentent une partie ou la totalité du pathogène au système immunitaire humain, généralement sous la forme d'une injection et à faible dose, pour inciter le système à produire des anticorps contre le pathogène. Les anticorps sont une sorte de mémoire immunitaire qui, une fois déclenchée, peut être rapidement mobilisée à nouveau si la personne est exposée au virus sous sa forme naturelle.

Traditionnellement, l'immunisation a été réalisée en utilisant des formes vivantes et affaiblies du virus, ou une partie ou la totalité du virus une fois qu'il a été inactivé par la chaleur ou des produits chimiques. Ces méthodes présentent des inconvénients. La forme vivante peut continuer à évoluer dans l'hôte, par exemple, en récupérant potentiellement une partie de sa virulence et en rendant le receveur malade, tandis que des doses plus élevées ou répétées du virus inactivé sont nécessaires pour atteindre le degré de protection nécessaire. Certains des projets de vaccins Covid-19 utilisent ces approches connues, mais d'autres utilisent des technologies plus récentes. Une stratégie plus récente - celle que Novavax utilise, par exemple - construit un vaccin «recombinant». Cela implique d'extraire le code génétique de la pointe de protéine à la surface de Sars-CoV-2, qui est la partie du virus la plus susceptible de provoquer une réaction immunitaire chez l'homme, et le coller dans le génome d'une bactérie ou d'une levure - forçant ces micro-organismes à produire de grandes quantités de protéines. D'autres approches, encore plus récentes, contournent la protéine et construisent des vaccins à partir de l'instruction génétique elle-même. C'est le cas de Moderna et d'une autre société de Boston, CureVac, qui fabriquent toutes deux des vaccins Covid-19 à partir de l'ARN messager.

Le portefeuille initial de Cepi de quatre projets de vaccins Covid-19 financés était fortement orienté vers ces technologies plus innovantes, et la semaine dernière, il a annoncé un financement de partenariat de 4,4 millions de dollars (3,4 millions de livres sterling) avec Novavax et un projet de vaccin vectorisé de l'Université d'Oxford . «Notre expérience avec le développement de vaccins est que vous ne pouvez pas prévoir où vous allez trébucher», explique Hatchett, ce qui signifie que la diversité est la clé. Et l'étape où toute approche risque le plus de tomber est celle des essais cliniques ou humains qui, pour certains candidats, sont sur le point de démarrer.

Les essais cliniques, précurseur essentiel de l'approbation réglementaire, se déroulent généralement en trois phases. Le premier, impliquant quelques dizaines de volontaires sains, teste la sécurité du vaccin, surveillant les effets indésirables. La seconde, impliquant plusieurs centaines de personnes, généralement dans une partie du monde touchée par la maladie, examine l'efficacité du vaccin, et la troisième fait de même pour plusieurs milliers de personnes. Mais il y a un niveau élevé d'attrition à mesure que les vaccins expérimentaux passent par ces phases. "Tous les chevaux qui quittent la grille de départ ne termineront pas la course", a déclaré Bruce Gellin, qui dirige le programme mondial de vaccination pour à but non lucratif basé à Washington DC, le Sabin Vaccine Institute .

Il y a de bonnes raisons à cela. Soit les candidats ne sont pas  sécuritaires, soit ils sont inefficaces, ou les deux. Le filtrage des ratés est essentiel, c'est pourquoi les essais cliniques ne peuvent pas être sautés ou précipités. L'approbation peut être accélérée si les autorités de réglementation ont déjà approuvé des produits similaires. Le vaccin annuel contre la grippe, par exemple, est le produit d'une chaîne de montage bien rodée dans laquelle un ou quelques modules seulement doivent être mis à jour chaque année. En revanche, Sars-CoV-2 est un nouveau pathogène chez l'homme, et bon nombre des technologies utilisées pour fabriquer des vaccins sont relativement non testées. Ainsi, aucun vaccin fabriqué à partir de matériel génétique - ARN ou ADN - n'a été approuvé à ce jour.  Les vaccins candidats  Covid-19 doivent être traités comme de nouveaux vaccins, et comme le dit Gellin: "Bien qu'il y ait une pression pour faire les choses le plus rapidement possible, il est vraiment important de ne pas prendre de raccourcis."

Une illustration de cela est un vaccin qui a été produit dans les années 1960 contre le virus respiratoire syncytial, un virus courant qui provoque des symptômes de rhume chez les enfants. Dans les essais cliniques, ce vaccin s'est révélé aggraver ces symptômes chez les nourrissons qui ont ensuite attrapé le virus. Un effet similaire a été observé chez les animaux ayant reçu un vaccin expérimental Sars précoce. Il a ensuite été modifié pour éliminer ce problème mais, maintenant qu'il a été réutilisé pour Sars-CoV-2, il devra être soumis à des tests de sécurité particulièrement rigoureux pour exclure le risque d'aggravation de la maladie.



C'est pour ces raisons que la prise d'un vaccin candidat jusqu'à l'approbation réglementaire prend généralement une décennie ou plus, et pourquoi le président Trump a semé la confusion lorsque, lors d'une réunion à la Maison Blanche le 2 mars, il a fait pression pour qu'un vaccin soit prêt par les élections américaines de novembre - une échéance impossible. «Comme la plupart des vaccinologues, je ne pense pas que ce vaccin sera prêt avant 18 mois», explique Annelies Wilder-Smith, professeur de maladies infectieuses émergentes à la London School of Hygiene and Tropical Medicine. C'est déjà extrêmement rapide, et cela suppose qu'il n'y aura pas de problèmes.

En attendant, il y a un autre problème potentiel. Dès qu'un vaccin sera approuvé, il sera nécessaire en grande quantité - et de nombreuses organisations dans la course aux vaccins Covid-19 n'ont tout simplement pas la capacité de production nécessaire. Le développement de vaccins est déjà une affaire risquée, en termes commerciaux, car  peu de candidats se rendent en clinique. Les installations de production ont tendance à être adaptées à des vaccins spécifiques, et leur extension lorsque vous ne savez pas encore si votre produit réussira n'est pas commercialement réalisable. Cepi et des organisations similaires existent pour assumer une partie du risque, ce qui incite les entreprises à développer des vaccins indispensables. Cepi prévoit d'investir dans le développement d'un vaccin Covid-19 et d'augmenter la capacité de fabrication en parallèle, et au début du mois, il a lancé un appel de 2 milliards de dollars pour lui permettre de le faire.


Une fois le vaccin Covid-19 approuvé, un nouvel ensemble de défis se présentera. «L'obtention d'un vaccin dont l'efficacité et la sécurité ont été prouvées chez l'homme représente au mieux environ un tiers du chemin nécessaire à un programme de vaccination mondial», explique l'expert en santé mondiale Jonathan Quick de l'Université Duke en Caroline du Nord, auteur de La fin des épidémies (2018). «La biologie virale et la technologie des vaccins pourraient être les facteurs limitatifs, mais la politique et l'économie sont beaucoup plus susceptibles d'être un obstacle à la vaccination.»

Le problème est de s'assurer que le vaccin parvienne à tous ceux qui en ont besoin. C'est un défi même au sein des pays, et certains ont élaboré des directives. Dans le scénario d'une pandémie de grippe, par exemple, le Royaume-Uni donnerait la priorité à la vaccination des travailleurs de la santé et des services sociaux, ainsi que ceux considérés comme les plus exposés au risque médical - y compris les enfants et les femmes enceintes - dans le but général de maintenir les taux de maladie et de décès aussi bas que possible. Mais en cas de pandémie, les pays doivent également se faire concurrence pour les médicaments.


Parce que les pandémies ont tendance à frapper plus durement les pays qui ont les systèmes de santé les plus fragiles et les moins financés, il existe un déséquilibre inhérent entre les besoins et le pouvoir d'achat en matière de vaccins. Au cours de la pandémie de grippe H1N1 de 2009, par exemple, les approvisionnements en vaccins ont été coupés par les pays qui pouvaient se le permettre, laissant les plus pauvres à court. Mais vous pouvez également imaginer un scénario dans lequel, disons, l'Inde - un important fournisseur de vaccins pour le monde en développement - décide non sans raison d'utiliser sa production de vaccins pour protéger sa propre population de 1,3 milliard d'habitants avant d'en exporter.

En dehors des pandémies, l'OMS rassemble les gouvernements, les fondations caritatives et les fabricants de vaccins pour convenir d'une stratégie de distribution mondiale équitable, et des organisations comme Gavi, l'alliance des vaccins, ont mis au point des mécanismes de financement innovants pour lever des fonds sur les marchés afin d'assurer l'approvisionnement des les pays les plus pauvres. Mais chaque pandémie est différente, et aucun pays n'est lié par un arrangement proposé par l'OMS - laissant de nombreuses inconnues. Comme le souligne Seth Berkley, PDG de Gavi: "La question est, que se passera-t-il dans une situation où vous avez des urgences nationales?"

Cela fait l'objet d'un débat, mais il faudra un certain temps avant de voir comment cela se déroulera. La pandémie, dit Wilder-Smith, "aura probablement atteint un pic et décliné avant qu'un vaccin ne soit disponible". Un vaccin pourrait encore sauver de nombreuses vies, en particulier si le virus devient endémique ou en circulation perpétuelle - comme la grippe - et qu'il y a d'autres épidémies, peut-être saisonnières. Mais jusque-là, notre meilleur espoir est de contenir la maladie autant que possible. Pour répéter le conseil de la sauge: lavez-vous les mains.

lundi 23 mars 2020

J_Hopkins

L'Université John Hopkins, aux États-Unis semble servir
de référence pour les chiffres sur le COVID-19. ci-bas, la page
du Canada.



https://coronavirus.jhu.edu/